根據(jù)中央建設創(chuàng)新型國家的總體戰(zhàn)略目標和國家中長期科技發(fā)展規(guī)劃綱要，結合中國科學院科技布局調整的要求，圍繞深圳市實施創(chuàng)新型城市戰(zhàn)略，2006年2月，中國科學院、深圳市人民政府及香港中文大學友好協(xié)商，在深圳市共同建立中國科學院深圳先進技術研究院（以下簡稱“深圳先進院”），實行理事會管理，探索體制機制創(chuàng)新。
經(jīng)過十三年發(fā)展，深圳先進院目前已初步構建了以科研為主的集科研、教育、產業(yè)、資本為一體的微型協(xié)同創(chuàng)新生態(tài)系統(tǒng)，由九個研究平臺（中國科學院香港中文大學深圳先進集成技術研究所、生物醫(yī)學與健康工程研究所、先進計算與數(shù)字工程研究所、生物醫(yī)藥與技術研究所、廣州中國科學院先進技術研究所、腦認知與腦疾病研究所、合成生物學研究所（籌）、先進材料科學與工程研究所（籌）、前瞻性科學與技術中心），國科大深圳先進技術學院，多個特色產業(yè)育成基地（深圳龍華、平湖及上海嘉定）、多支產業(yè)發(fā)展基金、多個具有獨立法人資質的新型專業(yè)科研機構（深圳創(chuàng)新設計研究院、深圳北斗應用技術研究院、中科創(chuàng)客學院、濟寧中科先進技術研究院、天津中科先進技術研究院、珠海中科先進技術研究院、蘇州先進技術研究院、杭州先進技術研究院、武漢中科先進技術研究院、山東中科先進技術研究院）等組成。
2018年，深圳先進院獲批牽頭建設深圳市兩大重大科技基礎設施：腦解析與腦模擬，合成生物研究；并正在全力籌建深港腦科學中心，合成生物學、先進電子材料等國際創(chuàng)新研究院；未來將在河套深港科技創(chuàng)新合作區(qū)布局建設“深港生物醫(yī)藥創(chuàng)新研究院”、“深港優(yōu)異醫(yī)療設備創(chuàng)新中心”及“前瞻性國際化綜合性研發(fā)平臺”等創(chuàng)新平臺。2018年11月16日，深圳市人民政府與中國科學院在深簽署《合作共建中國科學院深圳理工大學協(xié)議書》，依托深圳先進院及中科院在粵科研力量建設中國科學院深圳理工大學（暫定名）。
使命和愿景 Mission and Vision
建設上等的工業(yè)研究院
提升粵港地區(qū)及我國先進制造業(yè)和現(xiàn)代服務業(yè)的自主創(chuàng)新能力，推動我國自主知識產權新工業(yè)的建立，成為國際上等的工業(yè)研究院。
目標 Goals
“一個引領、兩個接軌、三個上等、四個能力”
一個引領—在國家創(chuàng)新體系和區(qū)域源頭創(chuàng)新活動中起骨干和引領作用，包括核心技術、產業(yè)共性技術、人才教育、企業(yè)孵化等多方面的示范作用，成為新型國家研究機構的典范。
兩個接軌—“與國際學術水平接軌、與珠三角的產業(yè)接軌，是實現(xiàn)“一個引領”的前提條件，頂天才能立地。
三個上等—“人才上等、科研上等、管理上等”，是實現(xiàn)“兩個接軌”的基礎。
四個能力—“發(fā)揮學科交叉特色，形成集成創(chuàng)新新優(yōu)勢，建立經(jīng)濟預測機制，培養(yǎng)市場拓展能力。
深圳先進院積極貫徹中國科學院“三個面向”“四個率先”的新時期辦院方針，即“面向世界科技前沿、面向國家重大需求、面向國民經(jīng)濟主戰(zhàn)場，率先實現(xiàn)科學技術跨越發(fā)展、率先建成國家創(chuàng)新人才高地、率先建成國家高水平科技智庫、率先建設國際上等科研機構”，發(fā)揮中科院、深圳市、港中大三方共建優(yōu)勢，力爭打造人才上等、科研上等、管理上等的新型研究機構。
深圳先進院的“一+三+N”
一個定位：
發(fā)揮在建設創(chuàng)新性國家過程中的“火車頭”作用，成為國家和人民可信賴、可依靠的戰(zhàn)略科技力量，引領和支持我國可持續(xù)發(fā)展。提升粵港地區(qū)及我國制造業(yè)、現(xiàn)代服務業(yè)和醫(yī)療醫(yī)藥等領域的自主創(chuàng)新能力，成為新型國際上等的工業(yè)研究院。
三大突破：
突破一：優(yōu)異醫(yī)療影像
突破二：低成本健康
突破三：醫(yī)用機器人與功能康復技術
N個重點培育：
城市大數(shù)據(jù)計算
非人靈長類腦疾病動物模型
先進電子封裝材料
腫瘤精準治療技術
合成生物器件關鍵技術……
